Sistema de certificació aplicable
El sistema de certificació aplicable es basa en un sistema de control i de presa de mostres segons el que s'indica en la normativa vigent en matèria d'agricultura ecològica.
Els operadors que inicien el procés de certificació rebran una primera visita d'inscripció (veure esquema d'inscripció) per verificar in situ que el sol·licitant compleix amb els requisits mínims per a realitzar agricultura, ramaderia i/o elaboració ecològica. Posteriorment un comitè de tècnics avaluarà tota la documentació i la informació recopilada durant la visita de control i emetrà la resolució. A partir del moment en que s'ha resolt la inscripció com a apte, l'operador estarà sotmès a l'esmentat sistema de control i presa de mostres que consistirà en visites de control anuals (veure esquema renovació), tant amb avís com sense avís, i també es realitzaran preses de mostres que seran posteriorment analitzades en un laboratori acreditat per detectar possibles usos de productes no permesos en agricultura ecològica.
Els incompliments (veure tipus d'incompliments) que es detectin a partir de les visites de control i presa de mostres donaran lloc a un procés sancionador que pot anar des de la desqualificació del producte, parcel·les, lot, campanya, la suspensió temporal del certificat, fins a la baixa definitiva dels registres del CBPAE.